Az egyetemen a tudásközpontok, oktatási tevékenységet nem végző szervezetek melyek feladata, hogy partnerségben az ipar szereplőivel magas szintű kutatás fejlesztési programokat hajtsanak végre. Az egyetemen az alábbi központok működnek:
Gépészmérnöki Kar:
- Biomechanikai Kooperációs Kutatóközpont
- Budapesti Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem - AUDI Hungaria Kooperációs Kutatóközpont (BME-AUDI K3)
Vegyész és Biomérnöki Kar:
- Intelligens Anyagok Kooperációs Kutató Központ
Villamosmérnöki és Informatikai Kar:
- Közigazgatási Informatikai Központ (IK)
- Egyesült Innovációs és Tudásközpont (EIT)
- Egészségipari Mérnöki Tudásközpont
- Egyetemközi Távközlési és Informatikai Kooperációs Kutatási Központ
- Információtechnológiai Innovációs és Tudásközpont
- Mobil Innovációs Központ
- Villamoskari Hallgatói Innovációs Központ
Közlekedésmérnöki és Járműmérnöki Kar: