Az egyetemen a tudásközpontok, oktatási tevékenységet nem végző szervezetek, amelyek feladata, hogy partnerségben az ipar szereplőivel magas szintű kutatás fejlesztési programokat hajtsanak végre. A Műegyetemen az alábbi központok működnek:

Gépészmérnöki Kar:

• Biomechanikai Kooperációs Kutatóközpont
• Budapesti Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem - AUDI Hungaria Kooperációs Kutatóközpont (BME-AUDI K3)

Villamosmérnöki és Informatikai Kar:

• Közigazgatási Informatikai Központ (IK)
• Egyesült Innovációs és Tudásközpont (EIT)
• Egészségipari Mérnöki Tudásközpont
• Egyetemközi Távközlési és Informatikai Kooperációs Kutatási Központ
• Információtechnológiai Innovációs és Tudásközpont
• Mobil Innovációs Központ
• Villamoskari Hallgatói Innovációs Központ

Közlekedésmérnöki és Járműmérnöki Kar:

• Elektronikus Jármű és Járműirányítási Tudásközpont
• Munkavédelmi Továbbképző Központ
• RECAR - Autonóm Járművek Kutatóközpont